Składnikami, które w zdecydowany sposób determinują jakość oraz ilość mikroflory przewodu pokarmowego oraz wpływają na jego funkcjonowanie są prebiotyki: niestrawne składniki węglowodanowe, stanowiące element włókna pokarmowego.
Prebiotyki są to nietrawione przez enzymy przewodu pokarmowego dodatki do żywności, głównie pochodzenia węglowodanowego, które wywierają korzystny wpływ na zdrowie poprzez selektywną stymulację wzrostu i/lub aktywności jednego lub ograniczonej liczby gatunków bakterii w przewodzie pokarmowym. Do związków prebiotycznych mogą także należeć niektóre białka, peptydy, tłuszcze oraz oligo- i polisacharydy.
Najlepiej poznaną grupą substancji prebiotycznych są sacharydy otrzymywane na drodze hydrolizy polisacharydów, wśród których najlepiej udokumentowane to: fruktooligosacharydy, galaktooligosacharydy, czy oligosacharydy sojowe. Natomiast najpowszechniej wykorzystywanymi prebiotykami są inulina i oligofruktoza należące do fruktooligosacharydów (FOS). Inulina i oligofruktoza magazynowane są w wielu roślinach: warzywach, zbożach i owocach a wśród nich najwięcej inuliny występuje w warzywach, takich jak: karczochy, szparagi, salsefia, por, cebula, czosnek (chociaż dwa ostanie źródła nie są zalecane w diecie psa). Szczególnie duża ilość inuliny występuje w korzeniu cykorii, bulwie topinamburu i dalii, dlatego też oczyszczoną inulinę produkuje się głównie z tych trzech surowców. Inulina i oligofruktoza stosowane są jako składniki żywnościowe z wielu powodów: zastępują tłuszcz i cukier, są wypełniaczem o niskiej zawartości energetycznej, środkiem teksturotwórczym i żelującym.
W żywieniu psa prebiotyki (głównie inulina i oligofruktoza) stosuje się przede wszystkim ze względu na ich właściwości fizjologiczne: są frakcją rozpuszczalnego błonnika pokarmowego oraz korzystnie wpływają na proces trawienia i, w odróżnieniu od innych prebiotyków (jak np. laktulozy), nie są trawione przez niekorzystną mikroflorę w przewodzie pokarmowym, m.in. bakterie gnilne. Taka sytuacja powoduje, że następuje stymulacja wzrostu bakterii probiotycznych przy jednoczesnym ograniczaniu liczby bakterii gnilnych.
Udowodniono także pozytywny wpływ probiotyków (przede wszystkim w postaci ich mieszanin) na parametry immunologiczne zarówno krwi obwodowej, jak i nabłonka jelitowego. Takie właściwości mogą mieć zastosowanie w ograniczaniu stanów zapalnych nabłonka jelita wywołanych np. spożyciem napotkanej w czasie spaceru, niezupełnie świeżej " przekąski" .